สวนพฤกษศาสตร์ชายแดนภาคใต้ฯ จ.นราธิวาส เป็นหน่วยงานภาคสนามของกรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช สังกัดสำนักวิจัยการอนุรักษ์ป่าไม้และพันธุ์พืช ตั้งอยู่ในพื้นที่สามจังหวัดชายแดนภาคใต้ มีภารกิจด้านการสำรวจ รวบรวมพันธุ์ไม้ บำรุงรักษาพรรณไม้ และจัดทำเป็นแหล่งเรียนรู้ตามธรรมชาติ เพื่อให้บริการความรู้ด้านวิชาการป่าไม้ ให้แก่ สถาบันการศึกษา และหน่วยงานราชการ ตลอดจนสนับสนุนกิจกรรมต่างๆ ของกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม

พระราชเสาวนีย์
สมเด็จพระนางเจ้าฯพระบรมราชินีนาถได้มีพระราชเสาวนีย์กับดร.ปลอดประสพ สุรัสวดี อธิบดีกรมป่าไม้ และต่อมากับ นายพลากร สุวรรณรัฐ รองปลัดกระทรวงมหาดไทย ผู้อำนวยการศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ เมื่อวันที่ 21 ตุลาคม พ.ศ. 2542 ณ พระตำหนักทักษิณราชนิเวศน์ ว่ามีพระราชประสงค์ที่จะให้จังหวัดชายแดนภาคใต้ มีสวนพฤกษศาสตร์สำหรับรวบรวมพันธุ์ไม้ประจำถิ่น เพื่อการศึกษา การนันทนาการ และการท่องเที่ยวของประชาชนดังเช่นที่จังหวัดเชียงใหม่ เมื่อวันที่ 27 ตุลาคม พ.ศ. 2542 ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศอ.บต.) และจังหวัดนราธิวาสได้ขอพระราชทานพระบรมราชวินิจฉัยเกี่ยวกับสถานที่จัดสร้างสวนพฤกษศาสตร์ ซึ่งในเบื้องต้นเห็นว่าควรจัดสร้าง ณ บริเวณป่าเขาตันหยง และบริเวณป่าเขาสำนัก ท้องที่อำเภอเมืองนราธิวาส จังหวัดนราธิวาส ในวโรกาสนี้ สมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ มีพระราชเสาวนีย์ว่า สถานที่ที่ได้ขอพระราชทาน พระบรมราชวินิจฉัยน่าจะเป็นสถานที่เหมาะสม เพราะอยู่ไม่ไกลจากชุมชนเมืองนราธิวาส มีพันธุ์ไม้ขึ้นอยู่อย่างสมบูรณ์ รวมทั้งอยู่ใกล้เส้นทางคมนาคมสายหลัก จึงเป็นการสะดวกต่อผู้ที่สนใจ และนักท่องเที่ยวทั้งชาวไทยและชาวต่างประเทศที่จะมาเยี่ยมชม อย่างไรก็ตามทรงรับสั่งว่าอย่าทำให้ราษฎรที่อยู่ในพื้นที่ได้รับความเดือดร้อน และหากจะมีความจำเป็นต้องใช้ที่ดินที่ราษฎรครอบครองอยู่ ควรจะจ่ายค่าชดเชยด้วยความเป็นธรรม และเป็นที่พอใจแก่ทุกฝ่าย รวมทั้งไม่ควรก่อสร้างสิ่งปลูกสร้างมากเกินไป หรือขัดกับสภาพแวดล้อม